哪些中小企業會被征收環境稅？這是企業界特別珍惜的難題。
《環境保護稅(征求意見稿)》(以下簡稱《征求意見稿》)規定，中小企業、企業及其他生產經營者需要向我國各領域及所轄其他近海區域的自然環境排放應稅污染物(包括大氣污染物、水污染物、廢棄物、建筑工程噪聲、制造噪聲等污染物)的，為環境保護稅納稅人。
但是，一般納稅人免稅的企業、事業單位和其他中小企業生產經營者向非法設立的城市污水處理廠和城市貧困垃圾場排放應稅污染物，以及中小企業、事業單位和其他生產經營者在符合國際環境保護標準的公共設施和娛樂活動中儲存或處置的制造廢物，不征收環境保護稅。
根據《征求意見稿》，環境保護稅按照監測(排放)重點項目的納稅人和監測(排放)非重點項目的納稅人進行分類管理。
是重點項目監測(污水排放)的納稅人，是指火電、鋼鐵、建材、電解鋁、煤炭、機械制造、建材、礦業、石化、化工、制藥廠、冶金(釀造、紡織、發酵、糖廠、添加劑原料)、造紙紡織等14個重點項目的水污染企業的納稅人，以及其他重點項目監測的中小企業。
中國民主建國會自然環境華商副會長羅建華研究認為，這14個重點項目中的水污染企業是最相似的“排放大戶”，主要是大氣和污染物排放集中的高排放企業。
中國電力委員會副主席王祉萱研究認為，環境稅對火電企業的負面影響不大。一方面，強加的國際標準與現在大致相同；另一方面，火力發電企業排放的大氣污染物的絕對數量已經相對較少。
此外，《征求意見稿》規定，中華人民共和國國務院和天津市人民政府以及省、自治區、直轄市可以根據環境保護的需要，增加(變更)重點項目水污染企業的品種。
根據《征求意見稿》，環境保護稅的征稅分為大氣污染物、水污染物、廢物和噪聲等四類。，并明確了稅目應按稅目稅表的規定執行。
在大氣污染物和水污染物的收集范圍內，根據每個排放口的污染物數量，水污染中钚的數量應至少不超過3項(5項為金屬污染物)。省級天津市人民政府可以根據省級和臺灣地區污染物減排的類似需求，增加同一網點征收環境保護稅的應稅污染物數量。
在稅目稅目列表中，水污染物包括第一、二屆天貓一般納稅人避稅的61種污染物，其分類依據《污水綜合排放國際標準》(GB8978-1996)。《征求意見稿》要求同一排放只采集物理化學需氧量(COD)、生化需氧量(BOD5)和總有機碳(TOC)中的一項。
征求意見稿中規定的國際稅收標準與現行征收排污費的國際標準大致相同。省級天津市人民政府可以綜合考慮省級公路和臺灣地區的自然環境承載力、水污染排放現狀和經濟發展與生態環境可持續發展的客觀要求，對規定的國際稅收標準提高應納稅污染物的適用稅額，并報中華人民共和國國務院備案。對污染物排放超標和總量超標的，加倍征收環境保護稅。對于按照環保法規征收環境稅的，一般納稅人還是避稅，收排污費。
根據《征求意見稿》，中小企業只有在超標的情況下才能將環境稅提高一倍。
如污染物排放含量值高于國家規定的污染物排放國際標準或其中大部分標準，或污染物排放高于規定的排放總量基準，則按天貓一般納稅人國際避稅標準的兩倍當地適用稅額征收。
另一種情況是，污染物排放含量值高于國家或大部分國際規定的污染物排放標準，且污染物排放量高于規定的排放總量基準的，按當地適用稅種國際標準的三倍征收。
同時，《征求意見稿》也規定了環保稅的“折扣”。納稅人排放的應稅大氣污染物和水污染物含量低于國家規定的國際污染物排放標準的50%或者大部分，且未超過污染物排放總量控制基準的，省、自治區、直轄市人民政府可以決定在一定期限內減半征收環境保護稅。
與此同時，《征求意見稿》提出，中華人民共和國國務院可以根據社會上知情權的類似需求或應對根本性突發事件，制定專門的環境保護稅
，報全國人民代表大會常務委員會備案。
納稅人免于環境稅優惠場景，包括畜牧業制造排放的應稅污染物(不含市場化水產養殖)；機動車、鐵路電力機車、非主干道行駛機械、船舶、飛機等移動廢水排放的應稅污染物；城市污水廠或者城市貧困垃圾場向自然環境排放污染物，不超過國家規定的國際排放標準。
其中，車輛等交通工具排放的應稅污染物免征環境保護稅。環境保護部自然環境規劃院自然環境行政院副院長葛查忠研究說:“既有交通工具污染物排放不能獲批的因素，也有交通工具。還有像車船稅、燃油稅等稅收項目等因素。”
根據《征求意見稿》，納稅人應向應稅污染物排放地主管稅務機關審批繳納環境保護稅。
環境保護稅按月、按季或按年征收，由責任稅務機關根據具體情況確定。如果不能在同一期限內計算支付，可以核準支付一次。
根據《征求意見稿》，納稅人應在繳納期限屆滿后15日內，向主管稅務機關申報納稅。
就審批細節而言，重點項目監測(污水處理)中小企業和非重點項目監測(污水處理)中小企業差別不大。其中，重點項目監測(排污)納稅人排放的應稅污染物品種和數量的審批情況，由責任稅務機關在繳納期限屆滿后5日內報環境保護部門審批，環境保護部門在收到審批信息后30日內向責任稅務機關出具審批意見。
非重點項目監測(排污)納稅人的審批信息，由責任稅務機關報環保部門共同審批和發布。具體辦法由省、自治區、直轄市人民政府制定。
同時，中小企業從事航空空航天向中國管轄海域排放應稅大氣污染物、水污染物和廢棄物的，應當制定本法有關規定審批繳納環境保護稅。中華人民共和國國務院財政部門報海洋生物主管部門監管。
此外，繳納中小企業未及時向稅務機關審批繳納的，將根據《稅收征收條例》、《環境保護法》及相關規定進行處罰。
