如果現行有效合同的第三方在營改增前繳納增值稅，必須在營改增后盡快修改合同中的相關規定；否則，合同可能無法履行，公司或另一方可能違約。
首先，增值稅是價內稅，增值稅是價外稅。這一根本性變化不會對企業的價格職能產生負面影響。企業法律部工作人員應在第一時間與上海財稅網財務業務團隊溝通，在第一時間變更合同相關價格條款。同時，增值稅的應納稅額等于銷項稅額減去進項稅額，所得與稅額相乘即可得到與原增值稅不同的應納稅額。如果兩國在原合同中已經約定價格是否含稅，那么在營改增后，在合同中注明增值稅含稅價格是指“銷項稅額”而非“應稅金額”，以避免因理解不同而產生爭議。
其次，營改增前，繳納增值稅的義務發生在納稅時提供應稅勞務、轉讓或出售資產、收到營業收入現金，或取得營業收入索取現金憑據的當天。營改增后，第一張發票只能開具，付款責任發生的那一周是發票開具的當天。這個時候，無論收入是否實際收到，都要繳納增值稅。如果企業沒有注意到支付責任發生時間的變化，可能會帶來商業或涉稅的可能性。建議企業修改合同或簽訂補充協議，并盡可能使支付條款類似于“支付日根據結算單開具增值稅發票”的表述，避免在具體收現前開具增值稅發票，導致支付責任提前發生，對企業收入產生負面影響。
再次，如果一個合同跨越營改增前后，按照原合同，公共服務提供者只需要開具增值稅發票，但是營改增后，公共服務提供者需要繳納增值稅，開具增值稅發票。此時，公共服務購買者希望公共服務提供者發行它
為了抵扣進項稅；但公共服務提供者能否在第一時間開具管理更嚴格的增值稅專用發票，需要兩國到上海財稅網進一步確認協商，并在第一時間修改合同，否則可能導致兩國發生糾紛。
鑒于上述合同條款受營改增的負面影響較小，建議支付企業法務部門和業務財務團隊的工作人員立即整理購銷合同，確定免賠額范圍和支付范圍，確定合適的價格，然后立即與對方協商價格條款、支付周、發票等條款，適當時僅變更合同或簽訂補充協議，避免因稅制變化造成人員傷亡。
增值稅遠高于增值稅(商業部分5%-20%的稅收項目除外)，營改增最重要的目標之一是降低企業稅率，即通過扣除進項稅來降低一般的企業稅率。所以抵扣增值稅專用發票等匯票很重要。為了加強和規范增值稅征收管理，商務部歷年來出臺了一系列相關明確規定，特別是《關于加強增值稅征收管理若干難點問題的通知》(國稅發〔1995〕192號)，將資金流(金融機構的收付款票導向)、票流(開票導向)、入庫(或勞務流的計提導向)整合在一起，即以“三流完全一致”作為審批扣款的必要性
在實踐中，對于如何解釋這一規定存在爭議，特別是在收集和轉移頻繁發生的商業社會。在判斷資金流向時，需要以付出或承擔的價格作為國際標準，不同的稅務機關有不同的理解。另外，在公共政策上，第三類的不完全一致性可能會被解讀為個人經濟發展利益中的“賬外”嫌疑，容易導致商業賄賂的可能性，尤其是在《反不正當競爭法》修正案所選的加強商業賄賂控制的歷史背景下。建議企業盡量通過完善合同等方法降低可能性。
與包括增值稅發票在內的其他發票相比，增值稅發票的管理模式更加嚴格，違法行為的原因更加嚴重。《中華人民共和國刑事訴訟法》涉及增值稅專用發票的犯罪有五種以上，包括虛開增值稅專用發票(第二百零五條)、偽造或者倒賣偽造的增值稅專用發票(第二百零六條)、非法倒賣增值稅專用發票(第二百零七條)、非法購買增值稅專用發票或者購買偽造的增值稅專用發票(第二百一十條)等。企業除承擔法律責任外，還可能面臨依據《稅收征收條例》的違法行為和因善意接受虛假增值稅發票而造成的稅務傷亡。
在內部控制審計管理中，企業應注意將增值稅發票的申請、存儲、開具、獲取、抵扣、注銷、認證等程序納入上海市財稅網絡法規管理，嚴格管理增值稅發票購買和認證所需的企業印章和法人數字簽名，對相關人員進行適當培訓，并在員工指南或外部軍紀中明確中央紀委的職責、責任和理由。
陣營的改革是一把雙刃劍。一方面可以避免重復征稅，在一定程度上促進社會發展；另一方面，它也給企業的采購系統和供應商管理帶來了挑戰。為了確保進項稅的成功抵扣，企業在與供應商達成協議之前，應進行更嚴格、更全面的篩選和盡職調查結果。如果供應商普遍納稅，需要確認是否可以開具增值稅專用發票。如果供應商是
但其產品或公共服務價格較高，足以彌補不可抵扣進項稅造成的傷亡，同樣條件下也可考慮。在供應商盡職調查結果中，除了原則上的調查結果外，還要調查供應商開具增值稅專用發票的專業知識、開具增值稅專用發票第一時間、準確無誤的戰斗能力，以及上海財稅網與增值稅專用發票相關的違法行為的違法記錄。
營改增將給企業帶來前景和挑戰。鑒于上述潛在的立法可能性，企業應盡快熟悉營改增的規定和程序，并注意以下管理工作:
根據營改增政策，對產量合同進行梳理并做出相應變更。對合同條款進行合法性審查和合規性修訂，并根據產品價格和供應商數據全面變更相關合同條款。
熟悉增值稅管理的各項程序和制度，掌握增值稅發票的領用、保管和抵扣要求，按照法律法規使用發票，確保增值稅審核。
制定有效的內部控制方法，通過盡職調查結果對供應商數據進行實地調查，嚴格審查供應商專長，降低運營風險。
