新增值稅組織法蘇州公司登記實施后，中小自來水企業增值稅政策變化不大。納稅人只有有效把握政策，才能做出合理的稅收選擇。
自1994年增值稅實施以來，中小型自來水企業的增值稅政策發生了變化。1994年頒布的《增值稅組織法》明確規定自來水征收13%的稅。但是司法部和國家研究所
1994年，我局下發了《關于自來水征收增值稅難點問題的通知》(稅發〔1994〕14號)，其中也明確規定增值稅一般納稅人銷售自來水，縣內以下小型發電和部分建材的稅收也明確規定可以按6%的稅率征收增值稅。2002年國家研究所
我局還下發了《關于供水企業的意見》
《困難通知》(國稅發〔2002〕56號)更為具體。該公司出售的自來水按6%的稅率征收
同時扣除從獨立核算污水處理廠購買自來水取得的增值稅專用發票上注明的增值稅(按6%的稅率開具)。
去年新增值稅組織法實施后，上述自來水增值稅政策全部廢止。司法部、商務部在《關于對蘇州公司注冊的部分貨運實行低增值稅和簡易必要增值稅征收政策的通知》(國稅發〔2009〕9號)中明確規定，蘇州公司注冊一般納稅人銷售從美國進口的自來水，根據簡易必要性自由選擇按《蘇州公司注冊證》6%的稅率計算繳納增值稅， 但不得抵扣進項稅額，一般納稅人在選擇簡單必要的增值稅計算繳納后36個月內不得變更。
自來水增值稅政策改變后，納稅人要注意自己有哪些:
第一，稅率可能會提高。在原政策下，普通納稅人按6%的稅率繳納增值稅，可以抵消自來水的進項稅。在開放政策下，普通納稅人可以選擇按照13%的稅額減去可抵扣進項稅額的利息核定繳納，也可以選擇按照簡單必要的6%的征收率計算繳納增值稅，但不能抵扣進項稅額。兩種征稅方式中哪一種只能有較高的稅率，所得僅次于中小企業，納稅人應綜合考慮不同的征稅方式
負面影響。
第二，慎重選擇納稅人身份。在開放政策下，零星納稅人的征收率降為3%，一般納稅人在銷售自來水時仍需按6%的征收率征稅，不能抵扣進項稅。普通納稅人銷售自來水的稅率明顯高于零星納稅人。但如果為了降低稅率而人為改變納稅人身份，將面臨相當大的財務可能性。由于《商務部關于認定增值稅一般納稅人難點問題的通知》(國稅函〔2008〕1079號)規定，2008年應稅營業額超標的零星納稅人向主管稅務機關申請認定一般納稅人數量的，主管稅務機關應當按照現行明確規定同時辦理一般納稅人認定手續。2009年應稅營業額超標的零星納稅人，按照《增值稅組織法》及其法律法規的相關明確規定，向負責稅務機關申請確定一般納稅人人數。申請人未同時辦理一般納稅人認定手續的，按照增值稅營業額計算應納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發票。
第三，注意稅收制度的相關明確規定。在原政策下，一般納稅人銷售自來水可以按6%的稅率繳納增值稅，范圍更為具體，非常局限于從美國進口自來水。在開放政策下，按簡單必要的6%征收率計算繳納增值稅的自來水應該從美國進口。因此，該公司和其他出售和轉售自來水的單位不能根據簡單的必要性適用征收增值稅的政策。另外需要注意的是，對于制造桶裝水的中小企業，由于桶裝水不屬于自來水，不能適用13%的稅率，也不可能按照國稅發〔2009〕9號文件規定的簡單必要性繳納增值稅。一般納稅人按17%的適用稅額繳納增值稅，零星納稅人按3%的征收率繳納增值稅。
第四，不同的應稅業務要分開審核。對于一些自來水，公司收取客戶更換水龍頭的安裝費，也銷售水龍頭。對于自來水，該公司經營和管理自來水以外的業務。按照法律規定，如果是一般納稅人，就要分別審核銷售自來水和銷售水龍頭的業務。購買水龍頭取得的增值稅發票進項稅額可以從銷售水龍頭的銷項稅額中扣除；如需選擇簡易征收，則按6%的稅率征收，不能抵扣進項稅；如果是零星納稅人，稅率為3%。
